La investigación del ICAC cubre distintos campos de conocimiento de la ciencia arqueológica: la arqueología del paisaje, la arqueología de la ciudad antigua, las producciones artísticas y la ceramología, entre otros. También abarca otros campos de las ciencias de la antigüedad.
Los objetivos científicos y de investigación se desarrollan a través de las líneas de investigación, programas específicos y programas transversales, de los cuales surgen los diferentes proyectos. Algunos proyectos, por su conexión temática, se pueden agrupar a la vez en programas de investigación, bajo un mismo liderazgo.