Por línea de investigación se entiende una especialidad o campo de investigación fundamental en Arqueología Clásica. Se integran programas y proyectos promovidos por el mismo ICAC y por las universidades, instituciones y grupos de investigación con los que se firmen convenios de colaboración.
Las líneas de investigación en las que se estructura actualmente la investigación del ICAC son las siguientes:
Arqueología de la ciudad antigua
Arqueología del paisaje, poblamiento y territorio
Instrumentum domesticum. Materiales y comercio en el mundo antiguo
