Los programas específicos son programas de investigación con un marcado carácter temático que se pueden insertar en una línea de investigación concreta o bien desarrollar aspectos que afectan varias líneas. Este es el caso de programas de tipo estratégico como el de Arqueología Griega, que tiene como objetivo genérico promover la formación y la investigación en este campo de la arqueología clásica entre los estudiantes de tercer ciclo de las universidades de Cataluña.

También son programas específicos aquellos que se definen y se desarrollan según una problemática histórica determinada. Es el caso del programa Arqueología de la Protohistoria en el Mediterráneo Occidental, que profundiza en el conocimiento de las grandes transformaciones que llevaron a constituir las sociedades urbanas y hacerlas evolucionar bajo la influencia de la colonización grecopúnica y, más tarde, de la colonización romana. Otro ejemplo es el programa sobre las transformaciones urbanas durante la Antigüedad tardía, centrado en las actuaciones urbanas que tengan que ver con el testimonio arqueológico de este periodo de cambio urbano.

Arqueología de la protohistoria en el Mediterráneo Occidental
Arqueología griega
Antigüedad tardía